Ordenación geográfica
El agrupamiento de mandos se ha hecho de la misma manera que se divide el mando del Ejército mexicano, salvo la categoría de "Región", entendida como agrupamiento de varias zonas con fines administrativos.
- Zonas. Cada estado del país y el Distrito Federal, constituyen una Zona del PDMU, con un Comandante de Zona y un Estado Mayor de Zona. El mando de cada zona generalmente tiene su sede en la capital de la entidad.
- Subzonas. Si las distancias geográficas entre los centros de instrucción son muy grandes, se crea una subzona para coordinar los trabajos de los batallones de un área geográfica. Usualmente una subzona se forma en municipios de la entidad que están alejados de la capital o la sede del mando de zona.
- Batallones. Los asistentes a cada Centro de Instrucción puede constitur en sí mismos un batallón, que está a cargo de un Comandante de Batallón y una "plana mayor".
- Destacamentos. Los destacamentos son centros de instrucción "en promoción" (que tramitan su reconocimiento ante el Estado Mayor General), bajo la supervisión del mando de la zona o de un batallón.
- Presencia del PDMU en otros países. No obstante el carácter patriótico del PDMU, que parecería restringirlo al ámbito mexicano, comunidades mexicanas en Estados Unidos de Norteamérica y Canadá han establecido grupos sociales de interés formados por pentathletas en sus lugares de residencia.
Secciones del Estado Mayor Tanto el Estado Mayor General (órgano rector nacional) como el de cada Zona, cuentan con:
- Jefe del Estado Mayor
- Sección Técnica
- Sección Militar
- Sección Deportiva
- Sección de Organización y Propaganda
- Sección de Investigación y Estadística
- Sección de Archivo
- Sección de Hacienda
